Nel flusso fisico del materiale solitamente sono previsti dei punti in cui il materiale sosta in attesa di essere immesso in un nuovo flusso. Tali punti sono fisicamente costituiti da sistemi di stoccaggio che hanno la funzione di conservare il materiale e di renderlo facilmente reperibile, tali sistemi sono composti da diversi sottosistemi i cui principali sono: il sistema di versamento, il sistema di prelievo ed il sistema di conservazione. Altri sottosistemi sono quelli ausiliari come il sistema di manutenzione e sicurezza, il sistema di refilling o l’interfaccia di comunicazione con il resto del sistema aziendale. Possiamo classificare i sistemi di stoccaggio principalmente in base al grado di automazione ovvero quante operazioni sono svolte dall’uomo e quante dalla macchina, ad esempio avremo un magazzino con scaffalature che sarà scarsamente automatizzato rispetto ad un magazzino verticale con trasloelevatore. Altre caratteristiche dei sistemi di stoccaggio sono il coefficiente di utilizzo superficiale e la potenzialità di movimentazione. Il primo indica la superficie utilizzata per stoccare i materiali in rapporto alla superficie del sistema di stoccaggio. Il secondo indica la QT di UDC che riescono a transitare per il sistema nell’unità di tempo.